大約在380年，西班牙和亞奎丹(Aquitaine，又譯阿基坦，法國西南部之一大區)的主教會議，在西班牙東北部的薩拉戈薩(Saragossa，西班牙文Zaragoza)召開，此即“薩拉戈薩會議”(The Councils of Saragossa)。會中百基拉及其追隨者，受到嚴厲的譴責，基督教會中早已有太多人對他不滿了。之後百基拉與他的幾位信徒，被教會向“羅馬帝國”皇帝指控。最後以使用巫術等罪名，約在385年，被出生於西班牙的“西羅馬帝國”皇帝馬克西姆斯(Magnus Maximus， 335-388，383-388年在位)處決。此被視為世俗“正義”干預教會事務的首例，亦為基督教史上，首次教會公開迫害信徒的事件。有趣的是，教宗西里修及另兩位主教，對百基拉等人被皇帝處決提出抗議。但倒不完全是基於悲天憫人，他們主要是為了爭管轄權。即有關基督教會的(ecclesiastical)案件，不應由民事法庭(civil tribunal)裁決。西里修等人在為教會爭權之餘，也設法讓迫害不繼續擴大。

附帶一提，如之前所說，這位西里修，是第一位採用“教宗”(Pope)此一頭銜的羅馬主教。底下來看，百基拉究竟是個什麼樣的人？

百基拉教派的信仰，其實非常純正，可惜他的著作，都被當時的教會燒毀而失傳。幸好“真相是時間的女兒”，1885年，學者喬治謝普斯(Georg Schepss，1852-1897)在符茲堡大學(University of Würzburg，符茲堡(Würzburg)，又譯烏茲堡，位於今日德國中南部)的圖書館裡，發現了11份“真正的小冊子”(genuine tracts)。這些小冊子，於隔年(1886年)在CSEL(Corpus Scriptorum Ecclesiasticorum Latinorum，為一出版晚期基督教作家的拉丁作品的評論版之學術叢書)刊登。雖皆署名百基拉，但其中有4份記載當時他受審的經過，看起來較像是由一位與他親近的追隨者撰寫。從這些著作中顯示，百基拉的文章寫得相當活潑生動，且不時引用“聖經”以支持其論點。由於他並不反對基督徒閱讀其他經書，有人因此詆毀他，指他把偽經也納入“聖經”，但其實他根本沒這樣做。他也主張平信徒及婦女，都可在聚會中分享。對為何他反對與玩世不恭者同守聖餐，他也給出合理的解釋。

對於諸如“三位一體”這類神學問題，百基拉並不去爭論。他認為只要體會在基督裡，可以藉著聖靈以認識那位“獨一的真神”就夠了。他教導人說，“救贖的目的，是叫人轉回歸向神，所以人必須儘量遠離世俗，否則與神的交流，就會受到阻礙。”他認為每一個平信徒都可以接受聖靈的恩賜，而只要有信心，良好的行為便將隨之產生。他又認為，人的靈以聖經為糧，只要虔心閱讀，就能從“聖經”裡，發掘出其中蘊藏的啟示。況且“聖經”並非僅是為了讓人得到知識而寫，而是為了教導教徒，產生信仰而寫。由其著作中，可看出百基拉的為人極為敬虔，對信徒之教誨，亦未顯示有任何可被質疑處。他及追隨者，都是真誠的耶穌基督信徒。只在乎信仰，這不是很好嗎？但主流教會就是容不下他，對他百般詆毀及迫害。有關百基拉的事蹟，可參考吳主光(本名吳悅能，1940-2017，曾是香港基督教牧師，平安福音堂創辦人)所著之“弟兄會早期的百基拉派”一文。

百基拉被處死後，他的教派在西班牙北部及高盧南部仍繼續存在，有些地區還尊他為烈士。直到6世紀下半葉，百基拉派才銷聲匿跡。而儘管基督教會採取嚴厲的制裁措施，各種異教及異端，卻一直存在。今日排斥可能仍難免，但有各國的法律在，迫害應不容易了。

前面說過，自君士坦丁大帝統一“羅馬帝國”後，起初帝國即使分治，東方的皇帝，大抵是整個帝國的最高統治者。395年，狄奧多西一世皇帝臨終前，再度讓“羅馬帝國”分裂。他的次子霍諾留成為“西羅馬帝國”的皇帝。自此，在滅亡前，西部帝國歷經13位皇帝的統治。之前說過，戴克里先實行四帝分治時，西部帝國的首都，便從羅馬遷至米蘭(即當時的梅蒂奧拉努，286-402年為首都)。到狄奧多西一世當皇帝時，米蘭逐漸變得無險可守了，有沼澤與潟湖保護的拉芬納(Ravenna，亦譯拉文納、拉溫納，或拉韋納，402-476年為首都)，遂成為西部帝國的政治及軍事重心。附帶一提，拉芬納在米蘭東南，本乃義大利東北部的一重要海港。只是滄海桑田，今日拉芬納已不靠海了。由於西部的幾位皇帝都相當軟弱無能，“西羅馬帝國”遂日益衰落，而同時期日耳曼蠻族部落則逐漸壯大。

西部皇帝懦弱，而外族力量強大，這段時期，羅馬主教遂逐漸在帝國西部，發展出準君主的地位。東部皇帝管理的重心，自然是東部，對西部則儘量少干涉。這當然主要是因鞭長莫及，力有未逮。羅馬教會掌握時機，先爭取到免除稅賦，再來是對信仰及民法擁有管轄權。羅馬主教一步一步建立起其權威。

之前提到的羅馬主教達瑪酥一世，他以“使徒”自居。在“馬太福音”的第10章，“耶穌叫了12個門徒來，給他們權柄(authority)，能趕逐污鬼，並醫治各樣的病症。”擁有權柄！謙卑為上，達瑪酥一世以使徒自居，可說頗具巧思。他又令著名學者耶柔米等人將“聖經”譯成拉丁文。此即“武加大”拉丁文標準譯本，又名“拉丁通俗譯本”。此工程浩大，並無法在達瑪酥一世任內(366-384)完成，但藉此的確大幅提高他的聲譽。耶柔米等人，於383年，開始修訂當時已有的“新約”拉丁文本。390年起，又參考希臘文“七十士譯本”，對“舊約”希伯來文本進行翻譯。終於在405年大功告成，譯本包含正典“舊約”46卷、“新約”27卷(共73卷)，及“次經”(secondary scripture)3卷。“次經”指幾部在“七十士譯本”中，但不在希伯來文“舊約”的著作。現今台灣基督宗教裡，天主教會的“舊約”便是46卷，至於基督教(即新教)會的“舊約”則有39卷，此事以後會說明。

教宗依諾增爵一世(Sanctus Innocentius，？-417，401-417年在位)曾宣佈，凡教會會議所通過的決議，最後須經他核定。在帝國東部，唯有皇帝才擁有至高無上的權力，能否定任何會議所通過的決議。但羅馬教宗，其權威那時可說已發展得相當成熟，無人可擋。而距離如此遙遠，“東羅馬帝國”的皇帝，實在無法管到羅馬教宗。可能也不想管，信徒眾多，西部帝國教會的事，還是睜一隻眼閉一隻眼為妙。與希臘化的東部帝國大異其趣，羅馬的禮拜儀式乃以拉丁語執行。更令人刮目相看的是，教宗甚至有個新角色─羅馬的守護者，因此時羅馬只有教宗一個高層了。